学校现有4个一级学科博士学位授权点、14个一级学科硕士学位授权点,8个专业学位硕士学位授权点、4个博士后科研流动站。学校拥有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、上海高校高峰高原学科3个、上海高校一流学科3个、省部级重点学科9个。植物学与动物学、农业科学、环境生态、工程科学、生物学和生物化学5个学科进入ESI国际学科排名全球前1%,水产学科在全国第四轮、第五轮学科评估中获A+评级。拥有国家级、省部级重点实验室及平台30余个。拥有我国第一艘远洋渔业资源调查船淞航号,我国唯一的CNAS、CMA、DNV GL和USCG资质认定的船舶压载水实验室,建设亚洲最大世界第三的动水槽,研制万米级着陆器成功到达10918米深渊。主办中国大陆地区第一本水产类英文期刊Aquaculture and Fisheries,被Scopus及美国生命科学文摘索引数据库(BP)和生物学文摘(BA)、中国科学引文数据库CSCD核心库收录。主办的《水产学报》获中国百强报刊中国精品期刊百种中国杰出学术期刊等称号。